2016年4月30日の「池上彰のニュースそうだったのか」で、燃油サーチャージと空港使用料についての説明がありました。

燃油サーチャージ、なぜ航空運賃と別に取られるのか？

マイレージを使った場合でも、燃油サーチャージを取られる事もある。燃油サーチャージは、特別付加運賃で、航空運賃とは別に請求される。
燃油サーチャージは、飛行機の燃料代なので、石油の値段で燃料代も変わってくる。しかし、航空運賃は当局に申請をして、当局のOKが出て、決まるもので、頻繁に変えることはできない。
その為、燃油サーチャージは燃料代に臨機応変に対応する為、別料金になっている。燃油サーチャージは、年に4回変える航空会社と年6変える航空会社がある。
燃油サーチャージは、飛行機に乗る日ではなく、チケットを発券した日の料金が適用される。

チケットや燃油サーチャージとは別に支払う空港使用料

空港使用料は、現在ではチケット代やツアー料金に含まれることもある。
空港使用料は、空港は、空港管理会社が維持・管理している為、徴収している。

空港使用料の例（大人１人が国際線で出国）
成田空港　第一、第二　2,610円
成田空港　第三　　1,540円
羽田空港 2,570円
中部国際空港 2,570円
関西国際空港　第一 3,040円
関西国際空港　第二 1,540円

日本の場合は、航空運賃に入っていて、別に支払う事がないので、気付かないが、海外の空港では、別に徴収される事もある。